Contenido

• Nueva versión (beta 0.2) de la utilidad g03mem para el cálculo de los recursos necesarios en trabajos Gaussian 03
• Instaladas versiones optimizadas de las librerías BLAS/LAPACK para todas las arquitecturas presentes en el servidor SVGD
• Trabajos que no terminan correctamente por falta de tiempo de ejecución
• CURSO ''Programación paralela do superdome mediante directivas OPENMP''
• Resultados de la encuesta de satisfaccion de los usuarios
• Enlaces esenciales.

Nueva versión (beta 0.2) de la utilidad g03mem para el cálculo de los recursos necesarios en trabajos Gaussian 03.    

g03mem da una estimación aproximada de la memoria requerida por un trabajo de Gaussian 03 en concreto.

La sintaxis de este comando es:

g03mem gaussian_input_file

Esta utilidad calcula el número de bases y da una estimación de CPU/memoria/disco requeridos para la ejecución con diferentes algoritmos. Adicionalmente cuando encuentra la palabra clave freq dentro de la ruta del trabajo ejecuta la utilidad freqmem adecuadamente.

Ejemplo:

g03mem /opt/cesga/g03/tests/com/test135.com

Este script está en fase experimental y existen casos aún no soportados (oniom, force ...).

Información adicional

Adicionalmente no es descartable la presencia de bugs por lo que si se encuentra algún comportamiento erróneo así como para cualquier sugerencia al respecto, por favor no dude en comuníquenoslo.

Instaladas versiones optimizadas de las librerías BLAS/LAPACK para todas las arquitecturas presentes en el servidor SVGD.     

Recientemente se han instalado la versión 3.6.0 de ATLAS (Automatically Tuned Linear Algebra Software) para las arquitecturas INTEL de 32 y 64bits presentes en los nodos de cálculo del SVGD y los compiladores gnu (gcc/g77/gfortran).

Mas información

En el caso de la arquitectura AMD opteron también presente en uno de los nodos del SVGD se ha procedido a la instalación de las librerías ACML (AMD Core Math Library) para 64bits y los compiladores disponibles (gcc/g77/gfortran y pathscale).

Más información

Trabajos que no terminan correctamente por falta de tiempo de ejecución.    

En caso de que alguno de sus trabajos termine con exit_status 138 en el SVGD, 158 en el HPC320 o 144 en el SuperDome y al hacer un qacct -j del trabajo aparezca failed 100, le agradeceríamos que se ponga en contacto con nosotros en o en el 981 56 98 10 indicándonos el job_id para consultar el exit_status, aunque en principio este exit_status es por falta de tiempo, es decir, fue matado por el sistema de colas, al superar el tiempo de ejecución pedido en el qsub, y lo recomendable sería volver a lanzar el trabajo pidiendo más horas de ejecución.

En cualquier caso, también le agradeceríamos que nos consulte cualquier duda que le pueda surgir en la salida de un trabajo.

CURSO ''Programación paralela do superdome mediante directivas OPENMP''.    

Fechas: 13.12.2006 ó 14.12.2006
Horario: de 10:00 a 18:30h
Organiza: CESGA
Colabora: Departamento de Electrónica y Sistemas. UDC
Nº horas: 14
Lugar: Centro de Supercomputación de Galicia, Avda. de Vigo, s/n (Campus Sur) - Santiago de Compostela
Contacto: cursos

Dirigido a: Usuarios con grandes demandas de recursos computacionales que desarrollan sus os propios códigos (en C y/o en Fortran) en diferentes campos de la ciencia y la ingenieria, y que desean conocer técnicas básicas de programación paralela para la ejecución de sus programas en el supercomputador HP Superdome

[Continua]

Resultados de la encuesta de satisfacción de los usuarios.

Desde 1993 venimos realizando un constante esfuerzo por incrementar el nivel de calidad de los servicios que facilitamos a los investigadores. Los comentarios, sugerencias y opiniones de los usuarios han sido claves para poder mejorar y ofrecer el servicio demandado.

El resultado de la encuesta de usuarios ha calificado como bueno los servicios de computación y almacenamiento (4.2 sobre 5) y de excelente el servicio de soporte a los usuarios (4.6 sobre 5). Mas interesantes resultan los comentarios entre los que como aspectos a mejorar se encuentran los tiempos de espera en cola y la asignación de prioridades, así como la forma de determinar los recursos necesarios antes de enviar los trabajos. También esta el aspecto casi permanente de la falta de recursos para poder realizar los cálculos necesarios para las investigaciones de los usuarios en un tiempo razonable.

En este sentido trabajamos en mejorar el servicio prestado y la información sobre prioridades y tiempos de espera en cola y el próximo año contaremos con la incorporación del servidor de calculo Finisterrae que contara con mas de 2000 procesadores Itanium2 y 19 TB de memoria principal y confiamos permita dar un salto cualitativo en los servicios prestados por el centro.

Enlaces esenciales.