Contido

• Tiempo medio de espera en los Superordenadores del CESGA.
• Compilación en el SVG según arquitectura necesaria.
• Ejecución en el SVG según arquitectura necesaria.
• Nuevos entornos de paralelización en el SVG.
• Los técnicos de soporte del CESGA reducen a sólo 2  un cálculo estimado
  en 36 meses.
• Enlaces esenciales.

Tiempo medio de espera en los Superordenadores del CESGA.   

En estudios recientes que se han realizado en el CESGA hemos obtenido el tiempo medio de espera para que un trabajo enviado a cola entre en ejecución.

Dicho tiempo para cada Superordenador es el siguiente:

HPC320 (sc.cesga.es): 1h
Superdome (sd.cesga.es): 13h
SVG (svgd.cesga.es): 2h

Por tanto recomendamos a nuestros usuarios que si sus trabajos solo utilizan 1 procesador y hasta 2 GB de memoria utilicen el servidor de cálculo SVG o el HPC320.

Compilación en el SVG según arquitectura necesaria.     

Muchos de nuestros usuarios utilizan el frontal del SVG para compilar sus programas antes de enviarlos a cola. Esto puede ser un problema tanto por la consiguiente saturación del frontal como para el usuario, ya que por defecto va a compilar en una maquina de 64bits y al enviar el programa a cola es posible que se ejecute en un nodo de 32bits.

Para ayudar a solucionar este problema y que el usuario no se encuentre con la situacion de que tras compilar una aplicacion ésta no corre bien en los nodos, o que incluso muestra resultados erróneos, hemos realizado un pequeño script para poder compilar según necesidades. Este programa genera un entorno adecuado a sus necesidades de compilación.

Esto sería de la siguiente forma

compilar -arch <arquitectura>

donde <arquitectura> puede ser:

- 32: Arquitectura de 32 bits x86_32
- 64: Arquitectura de 64 bits x86_64
- opteron: Opteron

Debe tenerse en cuenta que cada sesión de compilación está limitada a 30 minutos.

De cualquiera forma si tiene alguna duda sobre la compilación o el uso de este script puede ponerse en contacto con nosotros en .

Ejecución en el SVG según arquitectura necesaria.  

Hemos incorporado la posibilidad de solicitar una arquitectura adecuada a la hora de lanzar a cola con el qsub.

Para ello a la hora de añadir las opciones conocidas hasta ahora hay que añadir una nueva que seria arch, e indicarle si desea que sea 32, 64, opteron o bw.

Quedaría una línea similar:

qsub -l num_proc=1,s_rt=10:00:00,s_vmem=2G,h_fsize=20G,arch=32 trabajo.sh

En este ejemplo se está indicando que la arquitectura es de 32 bits.

En caso de no poner arch, el sistema decidirá en que nodo se ejecutará, sin tener en cuenta la arquitectura.

Nuevos entorno de paralelización en el SVG.   

A partir de ahora en el cluster SVG estarán disponibles nuevos entornos de paralelización, tanto en mpich como en openmpi para Myrinet y Gigabit.

Ahora es posible la ejecucion de codigos paralelos sobre el SVG con red gigabit y procesadores Pentium4 (anteriormente solo se podían utilizar los nodos con red Myrinet y procesadores PentiumIII)

Para más información acerca del uso de estos entornos siga el siguiente enlace.

Los técnicos de soporte del CESGA reducen a sólo 2  un cálculo estimado en 36 meses  

El usuario Diego González de la Universidad de Vigo, en colaboración con Ivo Nezbeda de la Academia de Ciencias de la República Checa, tiene como objetivo en sus investigaciones la simulación del equilibrio líquido-vapor de sustancias de alto peso molecular comúnmente utilizadas en procesos industriales. El método elegido para la simulación es el de Metrópolis Montecarlo.

Dado que el usuario estimaba más de 3 años de CPU para la simulación completa que pretendía realizar, acudió al servicio de soporte del CESGA para buscar una solución, inicialmente planteada como paralelización del código. Una vez analizado por los técnicos de Aplicaciones del CESGA, estimaron que en su versión actual no era paralelizable debido a las dependencias existentes. Sin embargo, si eran posibles otras optimizaciones en el código, además de aplicar los compiladores y opciones de compilación más adecuadas. El resultado es que el problema, que inicialmente necesitaba 36 meses, ha podido ejecutarse en solo 2 meses en un servidor del SVG con AMD Opteron, sin necesidad de paralelización.

El investigador ha presentado los resultados obtenidos con estas simulaciones en el congreso 7th Liblice Conference on the Statistical Mechanics of Liquids, celebrado el pasado Junio en Lendice, Repúbilca Checa.

Si quiere saber más sobre este servicio de soporte, no dude en contactar con el CESGA a través de   o llamando directamente al 981569810 y solicitando que le pasen con el departamento de aplicaciones.

Enlaces esenciales. 

Documentación y manuales de los sistemas de cálculo, almacenamiento y aplicaciones:

http://doc.cesga.es

Uso del sistema de colas en el CESGA:

http://www.cesga.es/content/view/431/53/

Guía básica de Unix:

http://iie.fing.edu.uy/~vagonbar/unixbas/

FAQs de computación:

http://www.cesga.es/component/option,com_simplefaq/Itemid,16/

Monitorización en tiempo real (máximo 30 minutos de retardo) del estado de los servidores y las colas:

Estado sistemas

Cómo solicitar ayuda:

 : para cualquier aspecto relacionado con los servidores de cálculo, sistemas de colas, almacenamiento, etc…

: en caso de consultas relacionadas con el uso de aplicaciones, peticiones de nuevas aplicaciones, etc...