Contenido

• Límites de espacio en disco de los servidores de cálculo
• Directorio para intercambio de información entre los servidores de cálculo
• Actualización, modificación y baja de aplicaciones instaladas
• Aviso de parada programada
  
• Conferencia: Large scale computations and computer requirements for WIEN2k
• Como ponerse en contacto en caso de problemas
• Enlaces esenciales.

 Límites de espacio en disco de los servidores de cálculo.    

Con el fin de garantizar una distribución equitativa y óptima de los recursos, todos los usuarios tienen asignado un límite máximo de ocupación para su directorio home en los servidores de cálculo. Técnicamente, este limite recibe el nombre de "quota".

Se ha estudiado el consumo medio en disco de los usuarios y el espacio disponible para determinar este valor. Actualmente las quotas son las siguientes:

Cluster SVG: 6Gb
Superdome: 10Gb
Cluster HPC320: 10Gb

Estos datos son por usuario y directorio home

En cualquier momento usted puede conocer el estado de su quota, utilizando el comando quota, el que realizará una salida por pantalla del estilo.

El comando quota se encarga de leer los ficheros donde reside la quota impuesta por los administradores y el espacio actual que tiene ocupado, de forma que después de obtener esta salida por pantalla, interpretaremos lo siguiente:

Filesystem: donde está alojado nuestro directorio home, puede ser una ip o un sistema de archivos como en este caso.

Blocks: tamaño que tenemos ocupado actualmente, este valor mantiene una aproximación de 1000000 a 1Gb de espacio consumido.

Quota: como su nombre indica, tamaño que tiene permitido, en este ejemplo equivale a 6Gb aproximadamente.

Limit: límite permitido, manejamos siempre un margen de error, en este caso de 9Gb máximo.

files: ficheros que existen, puesto que la quota puede establecerse a un número de ficheros máximo.

quota y limit: número máximo permitido y margen, en este ejemplo no hay margen para ficheros extra.

El sistema nos avisaría cuando nos pasáramos del límite, y de como no es posible escribir más datos

Es posible que para determinadas necesidades de cálculo este espacio en disco no sea suficiente, y para ello el CESGA ofrece un servicio de almacenamiento de datos.

Para acceder a este servicio es necesario presentar una solicitud de almacenamiento para ampliar dicha quota. Dicha solicitud la puede encontrar en el siguiente enlace.

Directorio para intercambio de información entre los servidores de cálculo.     

Cada uno de los servidores de calculo posee su propio espacio de almacenamiento de datos o directorio home, ademas de contar con acceso al servicio de almacenamiento masivo de datos.

Sin embargo, en algunas circunstancias los usuarios tienen que realizar tareas en varios servidores con los mismos datos o, por ejemplo, utilizar los resultados producidos en un servidor como datos de entrada en otro servidor. Para permitir este movimiento de datos entre los servidores, está disponible un directorio COMPARTIDO para cada usuario y cuyo contenido es visible entre todos los servidores de cálculo. Esto evita tener que realizar transferencias de datos utilizando protocolos como sftp o scp entre los servidores.

En caso de querer disponer de este directorio, es suficiente con enviar un email a  solicitándolo, ya que por defecto no está configurado en las cuentas de usuario.

Actualización, modificación y baja de aplicaciones instaladas.     

Para una mejor cobertura de las necesidades de sus usuariso, el CESGA tiene ya a disposición de los mismos tres nuevos paquetes de software científico instalados en sus servidores.

- Instalada nueva versión de Migrate, software relevante en Bioinformática y que permite estimar velocidades de migración y tamaños efectivos de población. La versión 2.0.6 de este programa ha sido instalada en todos los servidores de cálculo del CESGA (Superdome/HPC320/SVGD).

- Instalados los programas de simulación SPIDER versión 13.00 Oct 2005 y BSOFT versión 1.3.0 en el SVGD y en el HPC320. Estos programas de procesamiento de imágenes obtenidas por técnicas de microscopia electrónica complementan al ya instalado EMAN dentro de este campo.

El CESGA procederá a dar de baja a un total de once aplicaciones de cálculo científico debido a la falta de demanda de las mismas entre los usuarios del Centro. Estas aplicaciones, revisada su funcionalidad, apenas tuvieron uso en los últimos dos años.

• amsol
• clustalw
• combiner
• gamesol
• genehunter
• genscan
• glimmerm
• mopac
• mumer
• phylip
• superlink
  
  

Por este motivo, se procederá a dar de baja las mismas a partir del 1 de abril de 2006. Si por algún motivo esta acción puede repercutir en su trabajo, por favor, póngase en contacto con el Departamento de Aplicaciones y Proyectos a través de correo electrónico () o vía telefónica (981 569816).

Aviso de parada programada.    

El próximo martes 4 de Abril realizaremos una parada programada de todos los servidores de calculo y almacenamiento del centro, por lo que el servicio no estará disponible entre las 7:00 y las 13:00 de ese día.

Disculpen las molestias.

Conferencia: Large scale computations and computer requirements for WIEN2k.    

Fecha: 27.03.2006
Horario: de 11:00 a 13:00h
Lugar :: CESGA, Avda. de Vigo, s/n (Campus Sur) - Santiago de Compostela
Contacto :: 

WIEN2k is a widely used application in materials science and allows to compute the electronic structure of solids on the basis of quantum mechanics and density functional theory. It uses augmented plane waves as basis set and the equations lead to a large eigenvalue problem, which must be solved self-conistently.

 A realistic simulation of modern materials may require large system sizes (typically, matrices range from a trivial size of 5000x5000 up to 50000x50000 depending on the specific problem) and thus significant computetational power. A grid environment can provide a proper platform but  must deal with the complexity of an application like WIEN2k. The newly developed W2GRID attempts to provide the necessary middleware with a  specific functionality for WIEN2k.

Cómo ponerse en contacto en caso de problemas.    

Cuando exista algún problema tanto a nivel de aplicaciones como de sistemas puede ponerse en contacto con los departamentos usando el correo electrónico  y .

Para una mejor y rápida ayuda as sus problemas le recordamos que nos detalle al máximo lo qué es y cómo ocurre.

Ejemplo malo:

correo de xxx@yyyy.zz a 
Hola tengo un problema con mis trabajos, ¿me podrían echar una mano?
Atentamente XXX

Ejemplo bueno:

correo de xxx@yyyy.zz a 

Hola, soy el usuario XXX, ultimamente cuando envio un trabajo al SVGD no salen los resultados deseados o en muchas ocasiones no obtengo ni resultados, algunos trabajos que fallaron fueron los siguientes:

254157
214578
124586

He mirado en los ficheros de salida que genera (fichero.e254157 y STDIN.o254157) y no consigo ver el problema.
¿Alguna idea?
Atentamente XXX

Para más información de cómo enviar sus consultas pueden acudir al siguiente enlace FAQ.

Enlaces esenciales.