ARB (Nueva instalación en el hpc320)

ARB es un paquete gráfico que comprende varias herramientas para el manejo de bases de datos de secuencias y análisis de datos. En concreto, crea el árbol filogenético de una base de datos de secuencias procesadas (alineadas) y cualquier tipo de dato adicional relacionado con las mismas.

Más información se puede encontrar en: http://www.arb-home.de 

La versión 2.5b de esta aplicación se encuentra instalada en el hpc320 (sc.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/arb

Es necesario fijar la variable de ambiente ARBHOME a: /opt/cesga/arb con el comando: export ARBHOME=/opt/cesga/arb y modificar la variable de entorno PATH para que incluya la localización del arb con el comando: export PATH=$PATH:$ARBHOME/bin

MrBayes (Nueva instalación en el Superdome)

MrBayes es un programa para la estimación Bayesiana de filogenesis basada en una técnica de simulación llamada Markov chain Monte Carlo (o MCMC).

El programa toma como entrada una matriz de caracteres en un fichero en formato NEXUS. La salida son varios ficheros con los parámetros que fueron muestreados por el algoritmo MCMC junto a un resumen de esta información.

Más información sobre este programa puede encontrarse en: http://mrbayes.csit.fsu.edu/index.php

Este programa se encuentra instalado en el Superdome (sd.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/mrbayes

USO: Hay disponible una versión en serie y una paralela en MPI.

Para la ejecución en serie: /opt/cesga/mrbayes/bin/mb [file.nex]

Para la ejecución de la versión paralela se recomienda el uso del siguiente comando: mpirun -np nprocessors /opt/cesga/mrbayes/bin/mb.mpi file.nex

donde:

nprocessors : número procesadores a utilizar

file.nex : fichero con formato NEXUS que incluye además los comandos de MrBayes a ejecutar.

R8S (Nueva instalación en el Superdome y en el SVG)

Programa de análisis de velocidades de evolución y tiempos de divergencia de árboles filogenéticos.

Este programa lee ficheros en formato "NEXUS" (ASCII), el estandard usado por PAUP, MacClade, Component y algunos otros programas de análisis filogenético.

Se puede encontrar más información así como el manual para su uso en: http://ginger.ucdavis.edu/r8s

La versión 1.7 de este programa se encuentra instalada en el Superdome (sd.cesga.es) y en el SVG (svgd.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/r8s

USO: Este programa puede ejecutarse tanto en "batch" como en interactivo:

Interactivo (por defecto): /opt/cesga/r8s/bin/r8s -f datafile
Este comando lee el fichero de datos y presenta un "prompt" a la espera de comandos. "q" o "quit" finalizar? el programa.

En batch: /opt/cesga/r8s/bin/r8s -b -f datafile > outfile
Este comando ejecutará los comandos en el fichero de datos, salvará la salida en el fichero outfile y volverá al "prompt" del sistema operativo.

EMAM (Nueva instalación en el SVG)

EMAN es un paquete de software completo para la construcción de modelos 3D desde un conjunto de imágenes de partículas orientadas aleatoriamente. Esta técnica se usa típicamente junto imágenes de moléculas individuales obtenidas usando criomicroscopía electrónica. Esta técnica es capaz de determinar estructuras de partículas con resolución subnanométrica en un rango de 10-1000 nm.

La parte fundamental de EMAN es la librería ciéntifica de procesamientos de imágenes adecuada para su uso en Python. EMAN también incorpora un número de herramientas para el "Docking" de estructuras cristalinas (procedentes de difracción de rayos X) en mapas de densidad de baja resolución.

Más información se puede encontrar en: http://ncmi.bcm.tmc.edu/homes/stevel/EMAN

La versión 1.7 de esta aplicación se encuentra instalada en el SVG (svgd.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/eman

Para su uso es necesario la ejecución del siguiente comando: source /opt/cesga/eman/eman.bashrc

NOTA: Actualmente sólo la versión serie de este programa está operativa aunque se está trabajando en la versión paralela de este programa.


GMP (Nueva instalación en el Superdome)

GMP es una librería gratuita en C/C++ para aritmética de precisión arbitraria capaz de operar con enteros con signo, números racionales y números de coma flotante. No hay un límite práctico en la precisión exceptuando el derivado de la memoria disponible en la máquina donde GMP se ejecuta. GMP presenta un rico conjunto de funciones todas ellas con un interface regular.

Las principales aplicaciones en las que GMP puede ser usada son criptografía, seguridad en internet, investigación en algebra computacional, etc.

GMP ha sido diseñada cuidadosamente para ser lo más rápida posible independientemente del tamaño de los operandos. La velocidad es conseguida usando palabras enteras como tipo aritmético básico, algoritmos rápidos y códigos altamente optimizados en ensamblador.

GMP es la librería "bignum" más rápida actualmente lo cual se refleja sobre todo cuando se incrementa el tamaño del operando ya que GMP usa algoritmos más rápidos asintóticamente.

Más información sobre esta librería se puede encontrar en: http://www.swox.com/gmp

Esta librería se encuentra instalada en el Superdome (sd.cesga.es) y en el SVG (svgd.cesga.es):

Directorio instalación Versión
Superdome /opt/cesga/gmp 4.1.4
SVG Propia del sistema 4.1.2

En el Superdome el directorio de instalación presenta el siguiente árbol:
/opt/cesga/gmp/include Directorio de los ficheros include
/opt/cesga/gmp/lib/hpux32 Versión de 32bits
/opt/cesga/gmp/lib/hpux64 Versión de 64bits

Nota: GMP en el Superdome ha sido compilada con los compiladores nativos de HP con lo que se recomienda el uso de estos en las aplicaciones con GMP.


NAMD (Nueva instalación en el hpc320)

NAMD es un código de dinámica molecular paralelo diseñado para conseguir un alto rendimiento en la simulación de grandes sistemas biomoleculares.

Su programación está basada en objetos paralelos Charm++ (http://charm.cs.uiuc.edu) y escala hasta cientos de procesadores en plataformas paralelas de alto rendimiento y hasta decenas de procesadores en clusters comunes con gigabit ethernet.

NAMD utiliza el popular programa de gráficos moleculares VMD (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd) para la puesta a punto de la simulación asi como para el análisis de las trayectorias, pero también es compatible con AMBER, CHARMM, y X-PLOR.

Para más información sobre esta aplicación así como acceder a FAQs y tutoriales on-line consultar: http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd 

NAMD (versión 2.6b1) actualmente sólo está disponible en el HPC320 (sc.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/NAMD y su utilización sólo requiere fijar la variable de entorno PATH adecuadamente mediante el comando: export PATH=/opt/cesga/NAMD/Tru64-Alpha-MPI-CC:$PATH


CVS (Nueva instalación en el Superdome)

Concurrent Versions System es el sistema de control de versións dominante na actualidade no desenvolvemento software non comercial.

Permite tanto a xestión do software de pequenos proxectos individuais como grandes proxectos distribuidos entre moitas localizacións, gracias a súa arquitectura cliente-servidor. Permite o acceso ó código dende calquera parte a través de Internet, evitando conflictos no desenvlovemento de software. CVS é empregado por coñecidos proxectos de código aberto como Mozilla, GIMP, XEmacs, KDE, e GNOME.

Usuarios pontenciais: Todo tipo de usuarios de computación que desenvolvan programas ou macros para outros programas e necesiten unha xestión eficiente do código, tanto de forma individual como en colaboracións internacionais.

Máis Información: http://www.cvshome.org/

Instalada a versión 1.1.20 de CVS no Supedome (sd.cesga.es), no directorio: /opt/cesga/cvs-1.11.20

USO: Executar:

/opt/cesga/cvs-1.11.20/bin/cvs-1.11.20-HP [cvs-options] command [command-options-and-arguments]

Especificar --help para ver unha lista das opcións e comandos

FFTW (Nueva instalación en el Superdome, el HPC320 y el SVG)

FFTW es una librería de subrutinas C para calcular la transformada discreta de Fourier (DFT) en una o más dimensiones, de tamaño arbitrario, tanto para datos reales como complejos.

Además, por ser gratuito, creemos que será la librería FFT que elijan la mayoría de las aplicaciones.

Según algunas pruebas realizadas por el fabricante en varias plataformas, el rendimiento de FFTW es generalmente superior al de otras librerías o software para calcular la FFT, y es competitivo con las de pago. Además FFTW es portable: el mismo programa se puede ejecutar en muchas arquitecturas sin modificación.

La versión 3.0.1 de esta librería se encuentra instalada en el Superdome (sd.cesga.es), en el SVG (svgd.cesga.es) y en el HPC320 (sc.cesga.es), en las tres máquinas en el directorio: /opt/cesga/fftw-3.0.1

USO: Para utilizar esta librería debe incluirse en el código fuente el fichero: /opt/cesga/fftw-3.0.1/include/fftw3.h (o fftw3.f dependiendo del lenguaje de programación de nuestro código)

El programa debe ser linkado con la librería libfftw3.a (-lfftw3) que se encuentra en el siguiente directorio (para añadir con la opción -L)

Directorio librería:
Superdome /opt/cesga/fftw-3.0.1/lib (32 bits)
Superdome /opt/cesga/fftw-3.0.1/fftw3-64/lib (64 bits)
SVG y HPC320 /opt/cesga/fftw-3.0.1/lib


GRADS (Nueva instalación en el SVG)

GrADS, Grid Analysis and Display System, es una herramienta interactiva usada para acceder, manipular y visualizar datos de Ciencias de la Tierra. Acepta datos en diferentes formatos: binarios, GRIB, NetCDF ou HDF-SDS (Scientific Data Sets).

GrADS usa un entorno 4D: longitud, latitud, nivel vertical y tiempo. Interpreta datos mallados regulares, espaciados de forma no linear, gausianos o de resolución variable. Los datos de diferentes fuentes pueden ser superpuestos, con la información espacial y temporal correcta. Permite además diferentes sistemas de visualización: gráficos de líneas y barras, entornos suavizados, vectores de viento, etc. Incluye además un lenguaje de script para realizar análisis más sofisticados, que añaden funcionalidades suficientes para hacer análisis en batch.

Más Información: http://grads.iges.org/grads/

La versión 1.8sl11 se instaló en el SVG (svgd.cesga.es) en el direcorio: /opt/cesga/grads-1.8sl11/

USO: Diversos ejecutables se encuentran en el directorio: /opt/cesga/grads-1.8sl11/bin


LAMMPS (Nueva instalación en el Superdome)

Molecular Dynamics Simulator.
LAMMPS puede correr en máquinas monoprocesador o en paralelo utilizando técnicas de pase de mensajes y una descomposición del dominio de simulación. El código está diseñado para que pueda ser fácilmente modificado o añadirle nuevas funcionalidades.

Se distribuye como "open source" bajo los términos de la licencia GPL.

Más Información: http://www.cs.sandia.gov/~sjplimp/lammps.html 

Se ha instalado la versión 17Jan05 en el Superdome (sd.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/lammps-17Jan05

Los ejecutables para la ejecución paralela se encuentran en el directorio: bin/ de la aplicación:
lmp_hpsuperdome.Mlib.32 (versión 32 bits)
lmp_hpsuperdome.Mlib.64 (versión 64 bits)

USO: mpirun -np < n_procesadoresw < ejecutable > << fichero_entrada >.indent

El Manual puede consultarse en: /opt/cesga/lammps-17Jan05/doc/Manual.html (también versión PDF)


NCARG (Nueva versión en el SVG y nueva instalación en el Superdome)

NCARG es una librería gráfica de representación de datos científicos.

Usuarios habituais: Uso interno do CESGA, en proxectos de climatoloxía.

Usuarios potenciais: Usuarios que precisen representacións de datos científicos en xeral, e datos meteorolóxicos, climatolóxicos e resultados sobre coordenadas habitualmente utilizadas en meteoroloxía (planas, sigma, esféricas, etc).

Más Información en: http://ngwww.ucar.edu/ 

Se ha instalado la versión 4.4.0 en el SVG (svgd.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/ncarg-4.4.0 y la versión 4.4.1 en el Superdome (sd.cesga.es) en el directorio: /opt/cesga/ncarg-4.4.0.

Los ejecutables de la aplicación se encuentran en el directorio bin/ de dichos directorios.


NETCDF (Nueva versión en el SD)

NetCDF es una librería para el manejo del formato de datos estándar netCDF, utilizado por un gran número de paquetes gráficos.
Usuarios habituales: Uso interno del CESGA, para el manejo de datos climáticos y del medio
Usuarios potenciales: Científicos o técnicos que generen sus propios resultados sobre el VPP y deseen visualizarlos con herramientas gráficas en sus propias máquinas. 

La versión 3.6.0-p1 fue instalada en el Superdome (sd.cesga.es) en el directorio:
/opt/cesga/netcdf-3.6.0-p1 (versión 32 bits)
/opt/cesga/netcdf-3.6.0-p1/hpux64/lib (versión 64 bits)

USO: para la utilización de la librería debe incluirse e nuestro programa o fichero: include/netcdf.h. del directorio de instalación correspondiente. El programa debe ser linkado con la librería libnetcdf.a (-lnetcdf) que se encuentra en el directorio lib/ del directorio de instalación.