Esta es la antigua web del Centro de Supercomputación de Galicia.

Nuestro nuevo web está disponible desde el 18 de Julio de 2011 en
https://www.cesga.es

Por favor, actualice sus enlaces y marcadores.


Esta web solo se mantiene con el fin de servir como histórico de noticias, cursos, ofertas de empleo publicadas, etc.. y/o documentación.

CESGA-Centro de Supercomputación de Galicia
Galego :: Español :: English
Centro de Supercomputacion de Galicia
Home » News » Applications » Nova versión e actualización da Cambridge Structural Database (CSD)
Highlights

Users Online
117 guests online
Total since 21-12-05: 59686130 visitors
ISO 9001:2008

MGMT EXCELLENCE

Accessibility

Nova versión e actualización da Cambridge Structural Database (CSD) PDF E-mail
O día 1 de febreiro de 2007, instalouse a versión de 5.28 o 2007 e a primeira actualización de xaneiro 2007 da base de datos de CSD.  En total, contén  403790 entradas na base de datos.

A máquina para acceder segue sendo a mesma que o ano anterior (csd.cesga.es).

A instalación desta versión actualmente non inclue isostar. A  versión de isostar do 2006 está completamente operativa pero, se por calquera motivo, se necesitase o uso da versión 2007 non dude en contactarnos.

Actualmente e  hasta o  28 de Febreiro de 2006 estarán operativas as dúas versións (2006 e 2007) e a versión por defecto será a antiga (2006). Para usar a nova versión é necesario executar:

source usecsd07 

A  Cambridge Structural Database é unha  base de datos que recolle información bibliográfica, química e cristalográfica de compostos orgánicos e organometáicos obtida mediante difracción de raios X  e difracción de neutróns.

Usuarios habituais: Químicos inorgánicos, orgánicos e teóricos.
Usuarios potenciais: Químicos e físicos, que traballen en síntese ou caracterización de estructuras moleculares e necesiten comparar con estruturas identificadas en bibliografía.

Información adicional: http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd

GUIA DE USO:

O software está instalado no servidor csd.cesga.es. Unha vez obtida unha conta de usuario, cos datos de login e  password, pódese conectar ao sistema. Para conectarse é necesario dispoñer dun cliente ssh. Un cliente para Windows (Putty) pode obterse nsta dirección: http://www.chiark.greenend.org.uk/%7Esgtatham/putty/download.html.

Para visualizar a saída gráfica de programas que dispoñan desta posibilidade, é preciso conectarse co comando ssh -X, o que  fixará automaticamente a variable de entorno DISPLAY ao equipo desde onde nos estamos conectando. Para activar esta posibilidade utilizando o cliente Putty, é preciso ir ao menú Connection -> SSH -> Tunnels e activar a opción "Enable X11 forwarding", e, ademáis, será necesario ter instalado e  funcionando un cliente X-Windows como o cygwin o X-Win32. Información detallada de como realizar esto pódese atopar no seguinte enlace (http://www.cesga.es/File/Computacion/FAQS/CESGA_Cygwin.pdf).

O programa recomendado para facer las buscas é o  ConQuest que se activa co comando cq. As vantaxes deste sistema son a posibilidade de visualizar a estructura do composto ademáis de gardar as buscas realizadas.

Se se quere coñecer o contido da nova actualización, no programa ConQuest (comando cq), seleccionese as opcións View Databases -> Entries in CSD version 5.28 o View Databases -> Entries in CSD > version 5.28 updates. Lembrar que a base de datos Cambridge Structural Database (CSD) está instalada nunha máquina adicada, por lo que se se precisa acceder a esta base de datos e non se ten ainda acceso, deberá solicitarselle aos nosos  técnicos.

Programas incluidos en CSD:

ConQuest - Principal interfaz do CSD.
Mercury - Visualización e  exploración de estructuras cristalinas.
VISTA - Análise estatístico de xeometrías e outros datos.
IsoStar - Base de Coñecemento de interaccións intermoleculares.
Mogul - Base de Coñecemento de xeometrías moleculares.
PreQuest - Creación de bases de datos locais en formato CSD.

Ante calquera problema co programa ou coa actualización, non dubide en poñerse en contacto con nos a través de aplicacions@cesga.es, indicando no asunto "Error en CSD".

Last Updated ( 14.02.2007 )
Master HPC

CESGA SUPPORTS

PRACE Award 2009

Itanium Alliance Award

Projects

Gelato´s Member

Acreditación EUGridPMA

Last updates
Dominio galego

MONTHLY VIRUS ALERT

infoarrobacesga.es :: Telf.: +34 981 569810 - Fax: 981 594616 :: Avda. de Vigo s/n 15705, Santiago de Compostela.
CESGA