O deseño de ligandos de proteínas (acompañados polas súas sínteses e caracterización biolóxica) é un dos obxetivos das ciencias proteómicas, dada a súa utilidade para estudar a diferenciación das funcións de proteínas. Así por exemplo, utilízanse moléculas pequenas (por exemplo, inhibidores) para suprimir a actividade dalgunhas proteínas, permitindo deste xeito un estudio da diferenciación das funcións proteicas nun organismo.